根据骨骼形态判断功能。其基本原理是：绝大部分形态是适应的结果，是有功能的，这些功能可根据形态通过科学论证方法推断出来。例如，头足纲的隔壁与外壳的交界线-缝合线,在演化过程中其褶皱越来越复杂。对其原因曾提出3种假说:①褶皱增加壳的强度，以抵抗迅速浮沉时造成的压力差；②褶皱部分为肌肉附着处,肌肉伸缩使动物体进退以改变全壳比重,调节升降；③外套膜褶皱增加分泌气体和液体的面积，调节升降,隔壁褶皱是外套膜褶皱的结果。根据3种假说分别推断应有的合理表现，并与缝合线的地史演变、个体发生相验证，证明后二假说不能成立，第一种比较合理，这就弄清了形态──缝合线褶皱的功能。功能形态学研究可以推广到古生态、古环境的推断，如近来有些人主张恐龙不是变温动物而是热血动物，就是根据功能形态学作出的判断。
