活化石
当前经常被误解的是“活化石”。化石是已化石化的1万年前的生物,当然不会是活的。由于这一名词自身是矛盾的，所以说不是科学术语。只是达尔文对在东亚发现的据认为在距今 1亿多年前的中生代已绝灭的银杏使用的通俗形容词。有一段时间，不少人（包括部分古生物学家）将“活化石”与孑遗等同起来。由于孑遗是一个更不具任何限定意义的名词，因而导致了“活化石”一词的混乱。现在较多的人认为至少应有以下4个限定条件才能将现生某物种称为活化石:①在解剖上真正与某一古老物种极相似，但并不一定是完全相同或就是该物种;②这一古老物种至少已有1亿年或几千万年的历史，在整个地质历史过程中保留着诸多原始特征，而未发生较大的改变，也就是一种进化缓慢型生物；③这一类群的现生成员由一个或很少的几个种为代表；④它们的分布范围极其有限。
根据近年的研究，进化缓慢型生物的成种率低，其生态类型也是最一般的，它对食物来源、生境的物理化学条件的波动非常适应。与其密切相关的新生种类在同一环境下可能不具备竞争能力。根据近年生物进化理论，认为成种作用是生物进化的重要环节。在生境不变而成种率极低的情况下，这些生物在几百万年时间内是不会有什么变化的。于是相应的就形成了一些延续了上千万年的古老的生物，同时代的其他生物早已绝灭，只有它们独自保留下来,生活在一个极狭小的区域,被称为“活化石”。被公认的“活化石”有银杏、矛尾鱼和舌形贝等。下面分无脊椎动物、脊椎动物和植物分别列出一些“活化石”及与其对应古老生物的名称和生存时代（见表）。
根据表中所列生物名单，明显指出了“活化石”与孑遗的区别。即生存时间均在千万年以上，当然并不一定是原物种持续存留，只要是形态构造均处于原始状态，而又与地史上某物种或某属生物极其相似即可。孑遗则必须是同一物种。
按照生物进化的型式分析。“活化石”是在种系发生中的某一线系长期未发生前进进化，也未发生分支进化。更未发生线系中断（绝灭），而是处于停滞进化状态的结果。
当前对“活化石”的研究还在继续中，从古生物学、功能形态、比较解剖、胚胎发育、遗传因子甚至生理生化等方面进行综合分析。以期最终弄清它们能长期存留的原因。
表中列出了显然属于“活化石”之列的钝吻鳄（扬子鳄和密河鳄），而未列入应属孑遗生物而被误认为“活化石”的大熊猫及四不象鹿。此外，虽然在中国广西距今2400万年左右的中新世早期地层中发现了一块原白豚颌骨碎块，但因化石太少，尚不能肯定与白豚的确切关系。也不能证明2400万年来白豚在形态结构等方面未发生很大改变，故此也未列入。
此外,植物与动物的进化速度及制约因素均不同,二者的定义应有区别，但当前对动物界的“活化石”讨论较多，植物界的“活化石”研究较少。