863个基因组揭示家鸡的起源和驯化

（化石网报道）据中国科学院昆明动物研究所（灵长类进化遗传与发育学科组）：家养动物的驯化促进了人类生活方式从狩猎向畜牧的转变，是新石器时代农业革命的重要内容，是人类社会文明进步的重要标志之一。阐述家养动物的起源与驯化相关问题对家养动物的有效保护和利用以及了解人类自身的进化历史和疾病发生都具有重要的意义。

家鸡(Gallus gallus domesticus)是驯化最早的鸟类之一，根据不同的需求，人类已经培育数百种不同用途的家鸡品种，例如用来食用的蛋鸡和肉鸡，用来打斗娱乐的斗鸡，用来观赏的观赏鸡等等。到目前为止，家鸡的饲养范围最广、数量最大，其数量甚至超过了其它家养动物的总和。因此，家鸡在国民经济和人类社会中发挥了重要的作用。然而，到目前为止，对家鸡在何时、何地起源这一基本问题目前仍然没有确切的定论。虽然已经确定红原鸡(Gallus gallus)是家鸡的主要祖先，但是红原鸡分为五个亚种，分别为Gallus gallus murghi、Gallus gallus spadiceus、Gallus gallus juboullei、Gallus gallus gallus和Gallus gallus bankiva，家鸡起源于哪个红原鸡亚种目前并不清楚。不同的研究基于不同的研究材料、分子标记和方法得出不同的结论，目前认为南亚、东南亚和中国北方都可能是家鸡的起源地。

为系统性地解析家鸡的起源和驯化，中国科学院昆明动物所张亚平课题组，吴东东课题组联合国内外研究人员，经过多年的努力，获得了全部5个红原鸡亚种的基因组数据，以及分布于东南亚、南亚、中东、东亚、欧洲等地区家鸡的全基因组数据，通过大量的群体遗传学分析，发现家鸡并不是以前认为的多地独立起源，印度、中国北方等并非家鸡的起源地。家鸡是由Gallus gallus spadiceus亚种驯化而来。目前Gallus gallus spadiceus亚种主要分布在中国西南、泰国北部、缅甸等地区，说明该地区很可能是家鸡的驯化中心。研究人员进一步分析了家鸡基因组中所受人工选择作用，发现大量生殖相关基因在家鸡驯化中受到人工选择作用，进一步支持人类驯化促进家养动物生殖行为的改变。  　 

该研究以863 genomes reveal the origin and domestication of chicken为题，在《Cell Research》杂志上在线发表（文章链接：https://www.nature.com/articles/s41422-020-0349-y）。王明山博士为论文第一作者，中科院昆明动物所张亚平研究员，吴东东研究员，中国农科院北京畜牧兽医研究所韩建林研究员为论文共同通讯作者。该工作得到了中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金委、中国西南野生生物种质资源库动物分库等支持。　　 

同时，Science杂志 发表了题为“The chicken first crossed the road in Southeast Asia, ‘landmark’ gene study finds”的点评文章，系统介绍了该研究成果（https://www.sciencemag.org/news/2020/06/chicken-first-crossed-road-southeast-asia-landmark-gene-study-finds）。 

相关报道：鸡是如何变成鸡的？

（化石网报道）据solidot：它是最常见的家畜，人类最主要的动物蛋白来源。它有240亿只，比所有其它鸟类高出一个数量级。但两个世纪以来，生物学家一直在尝试回答鸡是如何变成鸡的。现在，对鸟类完整基因组的研究得出结论：大约在公元前7500年后东南亚北部或中国南部的人类驯养了一只野鸡。随后移民和商人将鸡带到了整个亚洲，以及南极洲之外的所有大陆。

中科院昆明动物研究所的研究人员获得了全部5个红原鸡亚种的基因组数据，以及分布于东南亚、南亚、中东、东亚、欧洲等地区家鸡的全基因组数据，通过大量的群体遗传学分析，发现家鸡并不是以前认为的多地独立起源，印度、中国北方等并非家鸡的起源地。家鸡是由Gallus gallus spadiceus亚种驯化而来。

目前Gallus gallus spadiceus亚种主要分布在中国西南、泰国北部、缅甸等地区，说明该地区很可能是家鸡的驯化中心。

研究人员进一步分析了家鸡基因组中所受人工选择作用，发现大量生殖相关基因在家鸡驯化中受到人工选择作用，进一步支持人类驯化促进家养动物生殖行为的改变。